Ketiga orang saksi yang diperiksa jaksa penyidik pada Senin, 3 Maret 2025 tersebut masing-masing menjabat sebagai direktur utama dan manager dari anak usaha PT Pertamina (Persero). Sementara satu saksi lainnya merupakan pegawai level manager di PT Pertamina. 

Adapun saksi dari anak usaha Pertamina yang diperiksa itu adalah NW selaku Manager Treasury PT Pertamina Patra Niaga dan TAW selaku Direktur Utama PT Kilang Pertamina Internasional. 

Satu orang saksi lainnya adalah AA selaku Manager QMS PT Pertamina (Persero).

Selain ketiga saksi tersebut, Tim Jaksa Penyidik pada kesempatan yang sama juga menggelar pemeriksaan terhadap tujuh orang tersangka terkait dengan perkara dugaan tindak pidana korupsi dalam tata kelola minyak mentah dan produk kilang pada PT Pertamina (Persero), Sub Holding dan Kontraktor Kontrak Kerjasama (KKKS) tahun 2018 sampai dengan 2023. 

Ketujuh tersangka yang diperiksa sebagai saksi itu adalah YF, RS, DW, GRJ, SDS, AP, MKAR. Mereka diperiksa sebagai saksi untuk Tersangka MK dan Tersangka EC.

Dalam perkembangannya, Tim Penyidik menyimpulkan dalam ekspose perkara bahwa telah terdapat serangkaian perbuatan tindak pidana korupsi yang dapat merugikan keuangan negara dari adanya alat bukti cukup.

Alat bukti yang dimaksud berupa pemeriksaan saksi sebanyak 96 orang, pemeriksaan terhadap 2 orang ahli, penyitaan terhadap 969 dokumen, dan penyitaan terhadap 45 barang bukti elektronik.

Berdasarkan alat bukti permulaan yang cukup, Tim Penyidik menetapkan 7 orang Tersangka dan melakukan penahanan selama 20 hari. Ketujuh tersangka itu adalah:
 

1. RS selaku Direktur Utama PT Pertamina Patra Niaga.
2. SDS selaku Direktur Feedstock and Product Optimalization PT Kilang Pertamina Internasional.
3. YF selaku Direktur Utama PT Pertamina International Shipping.
4. AP selaku VP Feedstock Management PT Kilang Pertamina Internasional.
5. MKAR selaku Beneficial Owner PT Navigator Khatulistiwa.
6. DW selaku Komisaris PT Navigator Khatulistiwa dan Komisaris PT Jenggala Maritim.
7. GRJ selaku Komisaris PT Jenggala Maritim dan Direktur Utama PT Orbit Terminal Merak.

Dua hari setelah penetapan dan penahanan terhadap 7 tersangka, Tim Penyidik kembali menetapkan dua orang tersangka baru dalam perkara tersebut.

Kedua tersangka baru itu adalah MK selaku Direktur Pemasaran Pusat dan Niaga PT Pertamina Patra Niaga dan tersangka EC selaku VP Trading Operations PT Pertamina Patra Niaga. Keduanya resmi menjalani penahanan terhitung sejak tanggal 26 Februari 2025.

Kesembilan Tersangka tersebut disangkakan melanggar Pasal 2 ayat (1) atau Pasal 3 jo. Pasal 18 Undang-Undang RI Nomor 31 Tahun 1999 sebagaimana diubah dengan Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2001 tentang Perubahan Atas Undang-Undang RI Nomor 31 Tahun 1999 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi jo. Pasal 55 ayat (1) ke-1 KUHP.

Akibat adanya beberapa perbuatan melawan hukum tersebut, Tim Penyidik memperkirakan adanya kerugian negara sekitar Rp193,7 triliun. Kerugian tersebut bersumber dari sejumlah komponen seperti kerugian ekspor minyak mentah dalam negeri sekitar Rp35 triliun, kerugian impor minyak mentah melalui DMUT/Broker sekitar Rp2,7 triliun, kerugian Impor BBM melalui DMUT/Broker sekitar Rp9 triliun.

Komponen kerugian lainnya adalah kerugian Pemberian Kompensasi (2023) sekitar Rp126 triliun, kerugian pemberian subsidi (2023) sekitar Rp21 triliun.